20世紀80年代初，中國正值改革開放和振興經(jīng)濟的重要發(fā)展時期。新技術(shù)革命及其帶來的科學(xué)技術(shù)的重大發(fā)現(xiàn)、發(fā)明和廣泛應(yīng)用，推動世界范圍內(nèi)生產(chǎn)力、生產(chǎn)方式和經(jīng)濟社會發(fā)展觀發(fā)生了前所未有的深刻變革，也引起全球經(jīng)濟格局和利益格局發(fā)生了前所未有的重大變化。為了適應(yīng)科技經(jīng)濟發(fā)展的新趨勢，迎接世界新技術(shù)革命的挑戰(zhàn)，1985年3月黨中央做出了《中共中央關(guān)于科學(xué)技術(shù)體制改革的決定》，提出中國的經(jīng)濟建設(shè)必須依靠科學(xué)技術(shù)、科學(xué)技術(shù)工作必須面向經(jīng)濟建設(shè)的戰(zhàn)略方針。同時指出：為加快新興產(chǎn)業(yè)的發(fā)展，要在全國選擇若干智力資源密集的地區(qū)，采取特殊政策，逐步形成具有不同特色的新興產(chǎn)業(yè)開發(fā)區(qū)。為落實中央精神，國務(wù)院于90年代初批準(zhǔn)建立國家高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)開發(fā)區(qū)，一大批科技人員紛紛進入高新區(qū)創(chuàng)辦高新技術(shù)企業(yè)，由此拉開了中國高新技術(shù)企業(yè)發(fā)展的序幕。

為了扶持技術(shù)創(chuàng)業(yè)，促進高新技術(shù)企業(yè)的快速發(fā)展，國務(wù)院于1991年發(fā)布《國家高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)開發(fā)區(qū)高新技術(shù)企業(yè)認定條件和辦法（國發(fā)[1991]12號）》，授權(quán)原國家科委組織開展國家高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)開發(fā)區(qū)內(nèi)高新技術(shù)企業(yè)認定工作，并配套制定了財政、稅收、金融、貿(mào)易等一系列優(yōu)惠政策。其后，根據(jù)形勢的需要，1996年將高新技術(shù)企業(yè)認定范圍擴展到國家高新區(qū)外（國科發(fā)火字[1996]018號）。1999年中共中央、國務(wù)院召開科技大會之后，再次修訂了國家高新區(qū)內(nèi)高新技術(shù)企業(yè)認定標(biāo)準(zhǔn)（國科發(fā)火字[2000]324號）。

2006年1月，中國召開了具有劃時代意義的全國科學(xué)技術(shù)大會。在這次會議上，胡錦濤總書記明確指出：“當(dāng)今時代，人類社會步入了一個科技創(chuàng)新不斷涌現(xiàn)的重要時期，也步入了一個經(jīng)濟結(jié)構(gòu)加快調(diào)整的重要時期。面對世界科技發(fā)展的大勢，面對日趨激烈的國際競爭，我們只有把科學(xué)技術(shù)真正置于優(yōu)先發(fā)展的戰(zhàn)略地位，真抓實干，急起直追，才能把握先機，贏得發(fā)展的主動權(quán)?！?。在2007年10月召開的黨的第十七次代表大會上，胡錦濤總書記又明確提出：“提高自主創(chuàng)新能力，建設(shè)創(chuàng)新型國家。這是國家發(fā)展戰(zhàn)略的核心，是提高綜合國力的關(guān)鍵。要加快建立以企業(yè)為主體、市場為導(dǎo)向、產(chǎn)學(xué)研相結(jié)合的技術(shù)創(chuàng)新體系，引導(dǎo)和支持創(chuàng)新要素向企業(yè)集聚，促進科技成果向現(xiàn)實生產(chǎn)力轉(zhuǎn)化。”

為適應(yīng)新的形勢發(fā)展，全面貫徹落實黨的十七大精神和中共中央、國務(wù)院《關(guān)于實施科技規(guī)劃綱要增強自主創(chuàng)新能力的決定》，配合落實2007年3月全國人大通過的《企業(yè)所得稅法》有關(guān)對國家重點扶持的高新技術(shù)企業(yè)的優(yōu)惠政策，大力提升中國高新技術(shù)企業(yè)的自主創(chuàng)新能力，實現(xiàn)產(chǎn)業(yè)升級發(fā)展，科技部在總結(jié)以往高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作的基礎(chǔ)上，會同財政部、國家稅務(wù)總局共同制定新的《高新技術(shù)企業(yè)認定管理辦法》，并于2008年4月14日正式發(fā)布。配套文件《高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作指引》也于2008年7月8日正式印發(fā)。它標(biāo)志著，20世紀90年代出臺的高新技術(shù)企業(yè)認定管理辦法，在完成了國家賦予的使命之后退出了歷史舞臺，一個新的高新技術(shù)企業(yè)發(fā)展時代正式到來。

新的《高新技術(shù)企業(yè)認定管理辦法》（以下簡稱《認定辦法》）有以下五個特點。

新政策的總體目標(biāo)。出臺新的高新技術(shù)企業(yè)認定管理政策的總體目標(biāo)是：要在建設(shè)創(chuàng)新型國家的戰(zhàn)略指引下，通過鼓勵創(chuàng)新的政策導(dǎo)向和新稅制優(yōu)化產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)的引導(dǎo)功能，進一步增強中國高新技術(shù)企業(yè)以自主研發(fā)為核心的綜合創(chuàng)新能力，通過創(chuàng)新驅(qū)動、內(nèi)生增長的新型發(fā)展方式，來促進新時期中國高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)的升級發(fā)展。為中國產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)調(diào)整和提高國家核心競爭力服務(wù)，為建設(shè)創(chuàng)新型國家的宏偉戰(zhàn)略目標(biāo)做出積極的貢獻。

新政策明確規(guī)定了企業(yè)研發(fā)和創(chuàng)新能力的具體衡量指標(biāo)。原有的高新技術(shù)企業(yè)認定辦法存在一個很大的不足，就是沒有規(guī)定關(guān)鍵認定指標(biāo)的測度依據(jù)，特別是對研究開發(fā)活動一直沒有給出評價標(biāo)準(zhǔn)和費用歸集標(biāo)準(zhǔn)，致使各地在實際操作時，缺乏統(tǒng)一可測的標(biāo)準(zhǔn)。為了解決這個問題，新辦法經(jīng)過大量調(diào)研，借鑒國際經(jīng)驗（OECD、美國、韓國），結(jié)合中國實際，確定了企業(yè)研究開發(fā)活動界定標(biāo)準(zhǔn)及費用歸集標(biāo)準(zhǔn)。同時，對科技人員、研究開發(fā)人員、自主知識產(chǎn)權(quán)、科技成果轉(zhuǎn)化能力等相應(yīng)指標(biāo)也給予了明確說明。認定標(biāo)準(zhǔn)規(guī)范統(tǒng)一，避免了認定工作的隨意性。

在新的高新技術(shù)企業(yè)認定工作中，用《國家重點支持的高新技術(shù)領(lǐng)域》取代了原《高新技術(shù)產(chǎn)品目錄》。20世紀90年代出臺的高新技術(shù)企業(yè)認定管理辦法，是針對國際上高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)蓬勃興起，國內(nèi)外差距較大的情況下制定的。當(dāng)時在許多領(lǐng)域建立生產(chǎn)能力是第一位的問題，編制《產(chǎn)品目錄》用來界定高新技術(shù)企業(yè)具有歷史的合理性。但是，隨著時間的推移，以《產(chǎn)品目錄》為導(dǎo)向來認定高新技術(shù)企業(yè)已不適應(yīng)中國科技、經(jīng)濟快速發(fā)展的要求，造成一些地方將只具備產(chǎn)品生產(chǎn)加工能力，不從事自主研發(fā)，長期處于高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)鏈和價值鏈低端的加工型企業(yè)也被認定為高新技術(shù)企業(yè)。同時，大量伴隨著現(xiàn)代服務(wù)業(yè)發(fā)展起來的從事技術(shù)開發(fā)和技術(shù)服務(wù)的企業(yè)又不能被納入高新技術(shù)企業(yè)的范疇。因此，為了實現(xiàn)以自主研發(fā)和創(chuàng)新為核心來認定高新技術(shù)企業(yè)，新《認定辦法》在認定工作中取消了《高新技術(shù)產(chǎn)品目錄》。

新《認定辦法》根據(jù)國家中長期科技發(fā)展規(guī)劃和“十一五”發(fā)展規(guī)劃，結(jié)合節(jié)能減排、保護環(huán)境、促進民生的重點任務(wù)，配套編制了《國家重點支持的高新技術(shù)領(lǐng)域》，用來判斷企業(yè)所進行的研究開發(fā)與產(chǎn)業(yè)化活動是否具有創(chuàng)新性，是否符合國家重點支持方向，同時兼顧支持技術(shù)型服務(wù)業(yè)，并將成熟技術(shù)和不符合國家產(chǎn)業(yè)政策的領(lǐng)域排除在外，避免了《產(chǎn)品目錄》的局限性。

根據(jù)形勢的發(fā)展，適時對企業(yè)研發(fā)費用占銷售收入的比例進行了調(diào)整。新《認定辦法》根據(jù)形勢的發(fā)展和中國企業(yè)的實際情況，按照不同的企業(yè)規(guī)模，對研發(fā)費用占銷售收入的比例進行了必要的調(diào)整。

20世紀90年代，中國的高新技術(shù)企業(yè)大都處于創(chuàng)業(yè)發(fā)展階段，企業(yè)主要從事技術(shù)開發(fā)和產(chǎn)品開發(fā)，銷售規(guī)模較小，原認定辦法把企業(yè)研發(fā)費用占銷售收入的比例定為5％，符合當(dāng)時中國高新技術(shù)企業(yè)的發(fā)展情況。

進入21世紀以來，中國高新技術(shù)企業(yè)取得了較大發(fā)展，經(jīng)濟規(guī)模增長迅速。同時也呈現(xiàn)出一個規(guī)律：隨著經(jīng)濟規(guī)模的擴大，企業(yè)的研發(fā)投入占銷售收入的比例較初創(chuàng)期有所降低。這是因為，初創(chuàng)期的企業(yè)主要從事技術(shù)和產(chǎn)品開發(fā)活動，在這個階段，企業(yè)研發(fā)投入大，銷售收入少，因此研發(fā)投入的比重較大。當(dāng)企業(yè)度過初創(chuàng)期后，隨著經(jīng)濟規(guī)模的擴大，企業(yè)除了將一部分經(jīng)費用于研究開發(fā)外，還需投入大量經(jīng)費用于市場開拓和擴大生產(chǎn)能力，因此在這個階段，研發(fā)投入的比重較初創(chuàng)期有所降低。

通過對全國高新技術(shù)企業(yè)研發(fā)強度的統(tǒng)計分析，考慮到中國不同規(guī)模企業(yè)的發(fā)展現(xiàn)實，新《認定辦法》對企業(yè)研發(fā)費用占銷售收入的比例進行了適度調(diào)整，將銷售收入為5000萬以下企業(yè)，比例定為6％；銷售收入為5000萬～2億的企業(yè)，比例定為4％；銷售收入為2億元以上的企業(yè)，比例定為3％。這樣做既能引導(dǎo)企業(yè)保持較高強度的研究開發(fā)投入，符合國家自主創(chuàng)新的政策導(dǎo)向，又能適應(yīng)不同規(guī)模企業(yè)的客觀發(fā)展規(guī)律，執(zhí)行起來更加合理可行。

新政策在管理體制方面的創(chuàng)新。為適應(yīng)新的形勢和工作要求，新辦法加大了部門合作與政策協(xié)調(diào)力度?？萍疾?、財政部、國家稅務(wù)總局建立了部門合作與政策協(xié)調(diào)的長效機制，構(gòu)建責(zé)權(quán)分明、監(jiān)管與操作分離的認定管理工作體系。新辦法設(shè)立了“部門決策、地方認定、機構(gòu)監(jiān)管”的認定管理工作體系。科技部、財政部、國家稅務(wù)總局三部門聯(lián)合成立認定工作領(lǐng)導(dǎo)小組，作為決策層，研究決定高新技術(shù)企業(yè)認定工作原則，解決科技、財政、稅務(wù)部門在高新技術(shù)企業(yè)認定及相關(guān)政策落實中出現(xiàn)的重大問題。

認定工作領(lǐng)導(dǎo)小組下設(shè)辦公室，作為監(jiān)管層，負責(zé)認定工作的備案管理，監(jiān)督、檢查全國高新技術(shù)企業(yè)認定工作和相關(guān)政策的落實情況。省級科技部門與同級財政、稅務(wù)部門組成高新技術(shù)企業(yè)認定管理機構(gòu)，作為認定機構(gòu)，負責(zé)本地區(qū)高新技術(shù)企業(yè)認定工作，并通過會商制度及時解決高新技術(shù)企業(yè)認定及稅收政策落實中出現(xiàn)的有關(guān)問題。此外，還通過公示公告、投訴處理、日常檢查等措施加強過程監(jiān)管，接受社會監(jiān)督，充分體現(xiàn)了公共政策公開、公平、公正的原則，確保認定企業(yè)與享受政策同步進行。